Varsinkin luonnosta kerätyt tai huonoista oloista peräisin olevat käärmeet voivat kantaa suolistossaan erilaisia matoja, jotka voivat esimerkiksi kuljetuksen ja huonojen olosuhteiden aiheuttaman stressin takia lisääntyä huimasti suolistossa. Sisäloiset saattavat aiheuttaa ripulia, suolistotulehduksia ja -tukoksia, laihtumista sekä heikentää käärmeen vastustuskykyä, jolloin se altistuu helposti muillekin sairauksille. Käärmeiden yleisimpiä sisäloisia ovat sukkulamadot, mutta niillä voi olla myös imumatoja, heisimatoja ja alkueläimiä.
Madot voidaan hävittää käärmeen suolistosta melko helposti tarkoitukseen soveltuvilla matolääkkeillä. Yleisimmin matelijoilla käytetty matolääke on Axilur, jota saa apteekista ilman reseptiä. Oikea annostus pitää kuitenkin selvittää eläinlääkäriltä, koska kissoille ja koirille tarkoitetut annostusohjeet eivät päde matelijoille. Matolääke (tabletti) voidaan murskata ja liuottaa sopivaan määrään vettä. Liuosta voi antaa letkun avulla suoraan käärmeen vatsaan tai jos eläin syö, niin liuos voidaan ruiskuttaa neulalla kuolleen ruokaeläimen sisään. Kuuri uusitaan kahden viikon kuluttua ensimmäisestä annoksesta. Alkueläimet voivat epänormaalin suurina määrinä vaarantaa käärmeen terveyden. Alkueläinten häätämiseen soveltuu hyvin esimerkiksi Ivermektiini, jota saa vain reseptillä -- eli käynti eläinlääkärillä on välttämätön.
Ehdottomasti vaarallisin ja pelottavin alkueläimen aiheuttama sairaus käärmeillä on kryptosporidioosi (Cryptosporidium-suvun loiset). Oireina on aluksi heikentynyt ruokahalu sekä oksentaminen pari päivää ruokailun jälkeen. Taudin edetessä käärme laihtuu ja heikkenee ja sen mahalaukku alkaa pullottamaan. Lopulta käärme kuolee. Kryptosporidioosiin ei ole olemassa parantavaa lääkettä. Oireet voivat kyllä pysyä pois lääkekuurin ajan, mutta kuurin loputtua ne palaavat väistämättä takaisin. Kryptosporidioosi voidaan todeta laboratoriokokein kuolleen eläimen vatsan ja suoliston limakalvoilta, sekä mahdollisesti myös elävän eläimen uloste- ja oksennusnäytteistä. Suurin osa kryptosporidioosia kantavista eläimistä ei sairastu siihen, mutta ne voivat levittää tautia eteenpäin. Sairastunut eläin pitää aina lopettaa, koska parantavaa lääkettä ei ole ja taudin loppuvaihe on varmasti eläimelle hyvin tuskallinen. Sairas käärme on myös riski kaikille muille matelijoille. Taudin saastuttama terraario, sisusteet ja hoitovälineet pitää joko desinfioida kuumentamalla uunissa (vähintään 65 °C) tai hävittää. Ikävä kyllä useimmat tavalliset desinfiointiaineet eivät taudinaiheuttajaan tehoa.