Terraarion siivous ja veden vaihto ovat tärkeä osa eläinten päivittäistä hoitoa. Puhtaus takaa sen, että käärmeet voivat hyvin ja pysyvät terveinä. Yleisin virhe on olettaa, että koska käärmeet syövät ja ulostavat harvoin, ei niiden terraariotakaan tarvitse siivota kuin joskus harvakseltaan. Käytännössä terraario kannattaa tarkistaa joka päivä ja jätökset olisi syytä kerätä sitä mukaa, kun niitä tulee.
Viljakäärmeen uloste on melko löysää ja likaa yleensä enemmän ympäröivää pohjamateriaalia kuin monien muiden lajien pökäleet. Myös seinät ja sisusteet voivat tahriintua, sillä viljakäärme tekee tarpeensa yleensä seinien vierustoille. Jos terraarion pohjamateriaalina käytetään sanomalehtiä tai muuta paperia, on yleensä helpointa vaihtaa koko likaantunut paperikerros uuteen. Jos taas pohjassa käytetään puulastuja tai muuta pienijakoista materiaalia, voidaan uloste ja sitä ympäröivä sotkeentunut aines poistaa ja lisätä silloin tällöin uutta materiaalia poistetun tilalle. Mikäli jätöksiä on joutunut terraarion pohjalle, seiniin tai sisusteisiin, kannattaa nekin puhdistaa huolellisesti.
Terraario likaantuu käytössä, eikä pelkkä pohjamateriaalin vaihto riitä pitämään sitä puhtaana kovin pitkään. Välillä terraario kannattaakin tyhjentää perusteellisempaa siivousta varten. Esimerkiksi puulastuja käytettäessä terraarion suursiivous tarvitsee tehdä vain muutaman kerran vuodessa, eläinten ja pohjamateriaalin määrästä riippuen. Hyvä indikaatori siivouksen tarpeellisuudesta on oma nenä: kun terraario alkaa tuoksahtamaan epämiellyttävälle, on sopiva aika ottaa rätti käteen. Suursiivouksen yhteydessä terraarion lattia ja seinät pyyhitään, likaantuneet sisusteet pestään tai vaihdetaan uusiin. Terraarion pintojen ja sisusteiden pesuun voidaan käyttää yleispesuainetta ja desinfiointiin vaikkapa jotain klooripohjaisia puhdistusaineita. Sopivia puhdistusaineita ovat esimerkiksi Klorite ja Tolu. Pesu- ja desinfiointiaine täytyy tietysti huuhdella huolellisesti pois.
Veden vaihto
Viljakäärmeillä täytyy olla aina puhdasta vettä saatavilla. Veden voi vaihtaa vaikka joka päivä, mutta normaalioloissa riittävä vaihtoväli on noin 3 päivää. Vesi pitää vaihtaa usein, sillä sen ei tarvitse näyttää likaiselta ollakseen epäterveellistä. Jokaisen veden vaihdon yhteydessä vesikuppi huuhdellaan vedellä tai pestään kevyesti tiskiharjan kanssa, jotta vahingolliset bakteerit eivät pääsisi lisääntymään. Samasta syystä vesikuppi kannattaa myös pestä astianpesuaineella noin kerran viikossa.
Jos vedessä näkyy roskia tai ulosteita, pitää vesi vaihtaa välittömästi. Ulosteiden tapauksessa vesikuppi olisi myös syytä desinfioida ennen kuin se palautetaan terraarioon. Vesijohtovesi sopii yleensä juomavedeksi oikein hyvin, mutta jos vesi haisee voimakkasti kloorilta (esimerkiksi keväisin), voi olla paikallaan käyttää suodatettua tai pullotettua vettä.